Il racconto-leggenda narra che la statua del Santo venne accidentalmente scoperta quando un pastore, rifugiatosi a dormire nella piccola grotta, ne venne cacciato nottetempo da ignoti, vi tornò successivamente con altre persone e trovò lì il simulacro, che sarebbe divenuto meta di pellegrinaggio. L’esistenza della grotta è comunque certa al 1866, ed appartenne al facoltoso marsalese Nicolò Marino ed ai suoi discendenti fino al 1975, anno in cui fu donata alla Parrocchia. L’estensione attuale del Santuario è frutto anche di altre importanti donazioni private di terreni adiacenti.
Il Santuario, dedicato a San Francesco di Paola, assume questa particolare denominazione perché si trova nell’omonima contrada del marsalese, una zona dove l’estrazione del tufo da cave aperte o sotterranee ha caratterizzato profondamente il paesaggio. “Perriere” rappresenta l’italianizzazione del siciliano “pirreri”, termine con il quale la popolazione locale ha sempre chiamato queste cave.
In origine fu soltanto un piccola grotta scavata nel tufo, la costruzione di una prima chiesa attigua avvenne nel 1866; nel 1899 la grotta fu abbellita con l’aggiunta di una cupola e di un pronao sorretto da due colonne, e nel 1953 venne affiancata da una seconda grotta, oggi cappella del Santissimo Sacramento. L’attuale mezzobusto di San Francesco di Paola, realizzato in tufo ricoperto da stucco, è una copia di quello originario, distrutto da un incendio non molto tempo dopo dalla sua collocazione.
Il graduale sviluppo strutturale segue le vicende spirituali: la devozione nata tra gli abitanti della zona, pur in assenza di eventi particolarmente miracolosi, divenne a poco a poco una tradizione, sempre più diffusa, di gratitudine al Santo per la sua intercessione. La frequenza dei pellegrinaggi spontanei divenne tale da giustificare, nel 1988, l’elevazione a Santuario Diocesano.
Le crescenti esigenze di accoglienza dei fedeli sono oggi soddisfatte da una spaziosa sala di culto semi-sotterranea, ricavata anch’essa da una cava esistente, al di sotto della quale si può visitare un ambiente museale dedicato alla tradizione estrattiva. Altrettanto suggestivi i grandi spazi all’aperto con il recente monumento del Santo.