Il Museo archeologico regionale ha sede nella caratteristica struttura del Baglio Anselmi, un ex stabilimento vinicolo costruito ai tempi della massima espansione della produzione e del commercio del vino Marsala.

Dal 1986 ospita il relitto della Nave punica, affondata durante la Battaglia delle Egadi che concluse la Prima guerra punica nel 241 a.C., i cui resti furono rinvenuti nei primi anni ‘70 dall’archeologa subacquea Honor Frost nel tratto di mare antistante lo Stagnone. Dopo un lungo e complesso lavoro di recupero, tutte le parti della nave restituite dal mare sono state esposte in una delle due sale principali del museo, dove si trovano anche altri reperti subacquei ed una consistente collezione di anfore di diverse epoche e provenienza.

L’altro salone documenta lo sviluppo di Lilibeo, con testimonianze dalla Preistoria al Medioevo. Recentemente, la collezione si è arricchita di una statua femminile rinvenuta nei pressi della chiesa di San Giovanni, una “Venere callipigia”, copia romana di un originale ellenistico del II sec. a.C., che, insieme all’Auriga di Mozia del V sec. a.C. custodito nell’isolano Museo “G. Whitaker”, rappresenta uno dei reperti scultorei di massimo valore del patrimonio archeologico della Sicilia occidentale.

Il Museo introduce alla vasta area che costituisce il Parco archeologico di Marsala dove, tra gli altri monumenti, si può visitare l’Insula romana di Capo Boeo: una residenza lussuosa di epoca imperiale, di notevole estensione e finemente pavimentata con decorazioni musive, dotata di ambienti termali, un comfort a quel tempo riservato solo a pochi eletti. La domus occupa un intero isolato, delimitato da due strade lastricate, un cardo ed un decumano.

L’area delimitata del Parco occupa tutta l’estremità occidentale di Marsala: data l’enormità delle risorse necessarie, gli scavi hanno finora esplorato solo una minima parte di essa. Al di fuori di questo perimetro, altrettanta ricchezza di vestigia puniche e romane interessa tutto il tessuto urbano: abitazioni, necropoli e fortificazioni, spesso visibili in giro per la città, a volte nascoste nelle fondamenta degli edifici moderni. In qualche caso continuando ad essere visitabili, come l’ipogeo di Crispia Salvia, una tomba a camera del II-IV sec. d.C. con pareti interamente decorate con affreschi policromi.