La chiesa di San Giovanni Battista sorge all’interno della vasta area del Parco archeologico di Marsala, in prossimità del Museo Baglio Anselmi. Fu costruita dai Gesuiti a metà del XVI secolo, nello stesso luogo di una piccola chiesa dei Padri Basiliani, ancora oggi parzialmente visibile.

Semplicissima nella sua architettura, è di grande rilievo storico ed archeologico perché al di sotto di essa si trova un piccolo ambiente sotterraneo scavato nella roccia, ove sgorga una sorgente d’acqua dolce, che la popolazione riteneva addirittura miracolosa fino a pochi decenni addietro.

Mosaici e affreschi di epoca romana testimoniano l’antica destinazione della “grotta”, dentro la quale si trova anche un altare in pietra del XV secolo con un rilievo raffigurante San Giovanni, di scuola gaginesca. La collocazione di questa scultura, il fatto stesso che la chiesa fu edificata proprio sopra la “grotta”, come a proteggerla, i soggetti di alcune decorazioni e gli studi storico-archeologici ci dicono, quasi con certezza, che essa fu utilizzata dai primi cristiani di Lilibeo come Battistero. Come non vi è dubbio che la venerazione di San Giovanni Battista a Marsala sia di lunghissima tradizione, tant’è che la ricorrenza del 24 giugno è ancora oggi celebrata con grande partecipazione popolare e vissuta con intensità pari a quella di una festa patronale.